Jean Zay : la bibliothèque NetCDF

NetCDF est un produit de Unidata ; c'est une bibliothèque permettant de créer et de manipuler des fichiers au format NetCDF ; ce format permet de conserver et d'échanger des données scientifiques. Il s'agit d'un logiciel permettant la manipulation de fichiers auto-descriptifs au format NetCDF.

  $ module avail netcdf
--------------------------------------- /gpfslocalsup/pub/modules-idris-env4/modulefiles/linux-rhel7-x86_64 ----------------------------------------
netcdf-cxx4/4.3.1      netcdf-cxx4/4.3.1-mpi-cuda  netcdf-fortran/4.5.2-mpi       netcdf/4.7.2      netcdf/4.7.2-mpi-cuda  
netcdf-cxx4/4.3.1-mpi  netcdf-fortran/4.5.2        netcdf-fortran/4.5.2-mpi-cuda  netcdf/4.7.2-mpi

Ces versions sont compilées avec hdf5 version 1.10.5.

La bibliothèque NetCDF est en mode d'adressage 64 bits.

Les différentes versions sont accessibles grâce à la commande module (nous vous recommandons de lire la documentation relative à ''module'' pour de plus amples détails.

Par exemple :

• pour charger la version parallèle compilée avec Intel 2019.4 :

$ module load intel-compilers/19.0.4 netcdf/4.7.2-mpi 
Loading netcdf/4.7.2-mpi
  Loading requirement: intel-mpi/2019.4
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) intel-compilers/19.0.4   2) intel-mpi/2019.4   3) netcdf/4.7.2-mpi

• pour charger la version séquentielle compilée avec PGI 19.10 :

$ module load pgi/19.10 netcdf/4.7.2
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) pgi/19.10   2) netcdf/4.7.2

Pour plus de portabilité, nous vous incitons à utiliser l'interface Fortran 90. Les variables et fonctions NetCDF commencent toutes par nf90_ et ces dernières permettent de passer en argument des entiers/réels 4 ou 8 octets sans changer l'appel de la fonction.

Quelques man (netcdf, ncdump et ncgen) correspondants à la version utilisée sont disponibles.

Serveur NetCDF : https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/