NWChem sur Jean Zay

NWChem est un logiciel de simulation de structure électronique. Il permet des traiter des systèmes de taille variées.

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gromacs_cpu.slurm

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               # 1 node is used
#SBATCH --ntasks-per-node=40    # 40 MPI tasks
#SBATCH --cpus-per-task=1      # Number of OpenMP threads per MPI task
#SBATCH --hint=nomultithread    # Disable hyperthreading
#SBATCH --job-name=nwchem              # Jobname
#SBATCH --output=%x.%j        # Standard output file (%x is the jobname, %j is the job number)
#SBATCH --error=%x.%j        # Standard error file
#SBATCH --time=10:00:00         # Expected runtime HH:MM:SS (max 100h)
##
## Please, refer to comments below for
## more information about these 4 last options.
##SBATCH --account=<account>@cpu       # To specify cpu accounting: <account> = echo $IDRPROJ
##SBATCH --partition=<partition>       # To specify partition (see IDRIS web site for more info)
##SBATCH --qos=qos_cpu-dev      # Uncomment for job requiring less than 2 hours
##SBATCH --qos=qos_cpu-t4      # Uncomment for job requiring more than 20h (up to 4 nodes)
 
# Cleans out the modules loaded in interactive and inherited by default
module purge
 
# Load needed modules
module load nwchem/7.0.2-mpi
 
srun nwchem input.nw

• Les jobs ont tous des ressources définies dans Slurm par une partition et une “Qualité de Service” QoS (Quality of Service) par défaut. Vous pouvez en modifier les limites en spécifiant une autre partition et/ou une QoS comme indiqué dans notre documentation détaillant les partitions et les Qos.
• Pour les comptes multi-projets ainsi que ceux ayant des heures CPU et GPU, il est indispensable de spécifier l'attribution d'heures sur laquelle décompter les heures de calcul du job comme indiqué dans notre documentation détaillant la gestion des heures de calcul.