Table des matières
Logiciels de simulation atomistique sur Jean Zay
Cette page regroupe les logiciels de simulation atomistique installés sur Jean Zay. Ils sont principalement à destination des utilisateurs des Comités Thématiques suivants :
- CT7 : Dynamique moléculaire appliquée à la biologie
- CT8 : Chimie quantique et modélisation moléculaire
- CT9 : Physique, chimie et propriétés des matériaux
Une présentation de l'IDRIS, de GENCI et quelques conseils de bases sont disponibles dans le document suivant (01/2020).
L'ensemble des produits est disponible en version CPU.
| Abinit (GPU) | AMS/ADF | Amber (GPU) | ATAT | Atompaw |
| Autodock-gpu (GPU) | BigDFT | CP2k | CPMD | Crystal |
| Deepmd (GPU) | Dftbplus | Gaussian (GPU) | Gromacs (GPU) | Lammps (GPU) |
| Molden | Molpro | N2p2 (GPU) | Namd (GPU) | NWchem |
| Octopus | Openmolcas | Openmx | Orca | Plumed |
| Psi4 | Qmcpack (GPU) | Quantum-espresso (GPU) | Quickvina-w (GPU) | Siesta |
| Uspex | Vasp (GPU) | Vesta | Vmd | Wannier90 |
| xTB/Crest | Yambo |
Repliement de protéines
Python pour la simulation atomistique
Un module regroupant les packages python dédiés à la simulation atomistique est maintenant disponible.
module load atomistic_simulation/py3
Pour connaitre les produits disponibles vous pouvez exécuter :
module help atomistic_simulation/py3