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Flash Info de l'IDRIS - n° 2013-1 (26/03/13)
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Au sommaire :
IBM x3750
- Conseils pour le portage de codes depuis Vargas
- Applicatifs et bibliothèques scientifiques : nouvelles versions disponibles
IBM Blue Gene/Q
- Applicatifs et bibliothèques scientifiques : nouvelles versions disponibles
- Mises à jour système
- Mises à jour des compilateurs
Calendrier des prochaines formations de l'IDRIS
* IBM x3750
- Portage de codes de Vargas sur Ada, rappel : vos scripts de lancement de jobs de Vargas NE DOIVENT PAS être utilisés en l'état sur Ada. Des modifications sont nécessaires pour que vos calculs se déroulent sans problème. Consultez notre page web à ce sujet :
http://www.idris.fr/ada/ada-portage_vargas_ada.html.
- Si vous lancez votre programme sans la commande poe, vous le lancez sur 1 coeur de calcul, et êtes facturé comme si vous lanciez sur votre nombre total de coeurs demandés.
- Si vous laissez les directives "#@ data_limit" et "#@ stack_limit", vous vous limitez vous-mêmes en mémoire.
- Jobs parallèles de plus de 32 coeurs : les travaux de ce type tournent sur des noeuds qui leur sont DÉDIÉS. Dans ce cas, le nombre de coeurs réservés ET FACTURÉS est un multiple de 32 : ainsi, si vous demandez 65 coeurs, 96 coeurs vous seront facturés.
- Classes de pré- et post-traitement : pour utiliser les noeuds de pré/post-traitement (4 noeuds x3850 de 32 coeurs Nehalem, chaque noeud disposant d'une mémoire partagée de 1 To), le mot-clef est :
# @ requirements = (Feature == "prepost")
Le temps Elapsed maximal est de 20h, sur 32 coeurs maximum. Vous pouvez demander jusqu'à 100 Go de mémoire pour une exécution séquentielle et 30 Go par coeur en parallèle.
- Applicatifs et bibliothèques scientifiques :
- FFTW 3.3.2 est maintenant la version par défaut (au lieu de la version 2.1.5). http://www.idris.fr/ada/biblis/ada-fftw.html Attention, les deux versions sont incompatibles; si vous voulez rester en version 2.1.5, consultez la page web : http://www.idris.fr/ada/ada-doc_module.html
- VASP : le logiciel de chimie VASP a été installé sur Ada. Son accès reste tributaire d'une licence valide à nous produire pour la/les version/s souhaitée/s. Attention, afin d'obtenir de bonnes performances, le fichier d'entrée INCAR doit être modifié. Consultez notre page à ce sujet :
http://www.idris.fr/ada/logiciels/ada-VASP.html
- Abinit : le logiciel de chimie Abinit a été installé sur Ada. Attention, afin d'obtenir de bonnes performances, consultez la page :
http://www.idris.fr/ada/logiciels/ada-ABINIT.html
* IBM Blue Gene/Q
- Les applicatifs et bibliothèques scientifiques sont disponibles sur Turing dans les versions suivantes :
- CP2K 2.3_12343,
- PETSc 3.3-p5,
- P3DFFT 2.5.1,
- LAPACK 3.4.2 devient la version par défaut,
- FFTW 3.3.3,
- Quantum Espresso 5.0.2 mis à jour (patch officiel)
- CPMD : les versions 3.13.2 et 3.15.3 du logiciel de chimie CPMD sont accessibles sur Turing par la commande module. Nous attirons votre attention sur le fait que ces versions sont hybrides (mixte OpenMP/MPI) de manière à utiliser au mieux les ressources de la machine massivement parallèle (ticket d'entrée à 64 noeuds, 1024 coeurs). Plus d'information sur la page web : http://www.idris.fr/turing/logiciels/cpmd.html.
- Mise à jour système : un nouveau driver (V1R2M0) a été installé
- Mise à jour des compilateurs : les versions XLF 14.1.0.2 et XLC 12.1.0.2 sont installées.
- Il est recommandé de recompiler vos applications pour profiter des améliorations et corrections apportées par les deux mises à jour citées
précédemment.
- Les options par défaut des compilateurs deviennent : -O3 -g (au lieu de -O0 -qnodbg)
* Formations
Nous vous rappelons les prochaines sessions de formation qui auront lieu dans les locaux de l'IDRIS :
- "Utilisation Blue Gene/Q" du 4 au 6 avril,
- "Programmation hybride MPI/OpenMP" du 8 au 11 avril,
- "Fortran 95-1"du 14 au 16 mai.
Pour consulter le catalogue et vous inscrire : https://cours.idris.fr
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Vous pouvez consulter ce numéro du Flash Info de l'IDRIS ainsi que les numéros précédents sur le site web de l'IDRIS : http://www.idris.fr/data/Flash-info/index.html